マンション売却時に使える「3,000万円控除」とは？わかりやすく解説

2024年8月28日

「マンションを売却しようと考えているけれど、税金がたくさんかかりそうで不安」
「3,000万円控除という言葉は聞いたことがあるけれど、実際にどう適用されるのかわからない」
このような悩みに対して答えていきます。

マンションを売却する際に売却益が発生すると譲渡所得税と呼ばれる税金がかかります。ただし、売却益が3,000万円以内の場合は税金が控除される3,000万円控除が利用可能です。

しかし、3,000万円控除には、いくつもの条件が設定されており、ケースごとに適用されるか判断が必要です。判断すべきポイントや注意点を把握しないまま売却を進めてしまうと、税金が控除されないケースに陥りかねません。

そこで本記事では、マンション売却時に使える「3,000万円控除」について、わかりやすく解説します。控除の仕組みや計算方法、適用要件、必要な手続きまで、詳しく説明していきます。さらに、共有名義や賃貸併用、相続したマンションなど、さまざまなケースにも対応。この記事を読めば、3,000万円控除を最大限活用し、税金の負担を軽減する方法がわかります。

ぜひ最後までお読みください。

マンション売却に使える「3,000万円控除」とは？

マンション売却に利用できる3,000万円控除は、居住用財産を譲渡した際に適用される特別控除制度です。この制度の主な特徴として、マイホームを売却した場合の譲渡所得税を軽減するのが目的です。控除額は最大で3,000万円まで可能で、譲渡所得がこの金額以下であれば、税金がゼロになる可能性もあります。

このように3,000万円控除を活用することで、マンション売却時の税負担を大幅に減らせる可能性があります。所有期間の長さに関係なく適用できるため、多くの人にとって有益な制度といえるでしょう。

3,000万円控除が適用された場合の計算方法

3,000万円控除を計算式は以下の通りです。

課税譲渡所得＝譲渡所得－最高3,000万円
税額＝課税譲渡所得×税率※（所得税・住民税）

より具体的に説明するために、マンション売却で3000万円控除が利用できるケースをシミュレーション形式で解説いたします。

条件は以下の通りでシミュレーションを実施します。

購入価格：3,000万円
売却価格：6,500万円
売却費用：200万円

まずは譲渡所得を計算します。今回のケースでは譲渡所得は以下の通り算出できます。

譲渡所得 = 売却価格 – (購入価格 + 売却費用)
= 6,500万円 – (3,000万円 + 200万円)
= 3,300万円

譲渡所得が算出できたら、3,000万円控除を適用します。

控除後の課税譲渡所得 = 3,300万円 – 3,000万円 = 300万円

今回のケースは譲渡所得が300万円でした。

つづいて発生した譲渡所得に対して税率をかけて実際の税金を計算します。
なお、譲渡所得税は物件の所有期間が5年を超えるかどうかによって税率が変わるため、注意が必要です。具体的には以下の通りとなります。

a) 長期譲渡所得の場合（所有期間5年超）：
所得税・復興特別所得税：300万円 × 15.315% = 45.945万円
住民税：300万円 × 5% = 15万円
合計税額：60.945万円

b) 短期譲渡所得の場合（所有期間5年以下）：
所得税・復興特別所得税：300万円 × 30.63% = 91.89万円
住民税：300万円 × 9% = 27万円
合計税額：118.89万円

特例を適用しない場合は譲渡所得が3500万円になり、およそ690～1190万円もの税金が課されます。そのため、この特例を適用すると大幅に節税が期待できます。

3,000万円控除の適用要件

マンションを売却する際の3,000万円控除には適用要件があります。具体的な要件は以下の通りです。

特例の適用を受けるための要件

（1）自分が住んでいる家屋を売るか、家屋とともにその敷地や借地権を売ること。なお、以前に住んでいた家屋や敷地等の場合には、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売ること。
（注）住んでいた家屋または住まなくなった家屋を取り壊した場合は、次の2つの要件すべてに当てはまることが必要です。
イその敷地の譲渡契約が、家屋を取り壊した日から1年以内に締結され、かつ、住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売ること。
ロ家屋を取り壊してから譲渡契約を締結した日まで、その敷地を貸駐車場などその他の用に供していないこと。
（2）売った年の前年および前々年にこの特例（「被相続人の居住用財産に係る譲渡所得の特別控除の特例」によりこの特例の適用を受けている場合を除きます。）またはマイホームの譲渡損失についての損益通算及び繰越控除の特例の適用を受けていないこと。
（3）売った年、その前年および前々年にマイホームの買換えやマイホームの交換の特例の適用を受けていないこと。
（4）売った家屋や敷地等について、収用等の場合の特別控除など他の特例の適用を受けていないこと。
（5）災害によって滅失した家屋の場合は、その敷地を住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売ること。
（6）売手と買手が、親子や夫婦など特別な関係でないこと。
特別な関係には、このほか生計を一にする親族、家屋を売った後その売った家屋で同居する親族、内縁関係にある人、特殊な関係のある法人なども含まれます。
※（特定増改築等）住宅借入金等特別控除または認定住宅新築等特別税額控除については、入居した年、その前年または前々年に、このマイホームを売ったときの特例の適用を受けた場合には、その適用を受けることはできません。
また、入居した年の翌年から3年目までのいずれかの年中に、（特定増改築等）住宅借入金等特別控除の対象となる資産以外の資産を譲渡し、この特例の適用を受ける場合にも、（特定増改築等）住宅借入金等特別控除の適用を受けることはできません。

引用：国税庁｜No.3302　マイホームを売ったときの特例

つまり3000万円控除の特例は所有期間の長短は要件に当たりませんが、

住まなくなった、もしくは住めなくなった日から3年以内に売却すること
買い手や売り手が親子や夫婦などの特別な関係でないこと

が特例を利用するための大きなポイントとなります。

共有名義のマンションの場合

共有名義のマンションを売却する際の3,000万円控除適用はどのようになるのでしょうか。

まず、原則として各共有者がそれぞれの持分に応じて控除を受けられます。これにより、譲渡所得が3,000万円を超える場合でも、控除を最大限活用が可能です。

たとえば夫婦で均等に共有しているマンションを売却した場合、それぞれが3,000万円ずつ控除を受けられます。つまり最大で6,000万円の控除が適用されることを意味します。ただし、土地と建物をそれぞれの名義で登記して、共同使用している場合は、建物の名義人しか3,000万円の控除を受けられないため、注意しましょう。

このように、共有名義の場合は個人所有と比べて複雑な面がありますが、適切に対応すれば大きな税制上のメリットを得られる可能性があります。

賃貸や店舗として併用しているマンションの場合

賃貸や店舗として併用しているマンションを売却する際の3,000万円控除適用には、チェックすべきポイントがあります。第一にマンションの一部を居住用として使用している必要があります。

第一条件をクリアできていれば、居住用として使用している面積の割合で3000万円控除の特例を利用可能です。

たとえば、マンションの70%を居住用、30%を賃貸用として使用していた場合、3,000万円の70%である2,100万円が控除の上限となります。ただし居住用の面積が90％を超える場合は全体を居住用として使用していたものとして控除が適用されます。

相続したマンションの場合

相続したマンションを売却する際の3,000万円控除（相続空き家の3,000万円特別控除）の適用には、基本的な適用要件に加えいくつかの条件があります。

具体的には以下の通りです。

被相続人が亡くなる直前まで居住していた家屋及びその敷地である
相続開始日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却する
相続開始時から売却時まで、事業や貸付けの用に供されていない
相続した人が、相続開始時から売却時まで居住していない
売却価格が1億円以下である
昭和56年5月31日以前に建築された家屋の場合、耐震診断を受け、一定の基準を満たすか、耐震改修工事が必要
相続した人全員が特例の適用に同意している

とくに注意すべき点は売却金額に上限がある点と、昭和56年5月31日以前に建築された建物、いわゆる旧耐震基準の建物は耐震改修工事や耐震診断が必要になる点です。

一時的に空き家になっているマンションの場合

一時的に空き家になっているマンションの売却では、通常の居住用財産の3,000万円控除が適用される可能性があります。この制度は「相続空き家の3,000万円特別控除」とは異なるものです。

まず、このマンションが売却前に居住用であったか、その見込みがあったことが条件です。

重要な要件として、住まなくなってから3年以内に売却することが挙げられます。売却理由も重要で、老人ホームへの入居など、やむを得ない事情で空き家となった場合に適用されます。過去3年以内に3,000万円控除を使用していないことも条件です。

一時的な空き家の状況は個々のケースによって異なるため、税理士などの専門家に相談し、適切な対応を取ることを推奨します。

3,000万円控除の手続きに必要な書類

3,000万円控除の手続きには必要な書類があります。具体的にどんなものが必要なのかは下記一覧表にまとめたので参考にしてください。

【3,000万円控除の手続きに必要な書類】

書類	概要	入手場所
確定申告書B	所得税の確定申告を行うための基本書類	税務署、国税庁のウェブサイトからダウンロード
譲渡所得の内訳書	譲渡所得の計算内訳を記載する書類	確定申告書付表として税務署で入手、または国税庁のウェブサイト
売買契約書	不動産の売買に関する契約内容を記載した書類	売買時に作成、売主・買主が保管
売却費用の領収書	売却にかかった費用（仲介手数料など）の証明書	各業者から受領（例：不動産仲介業者）
取得費用の領収書	購入時にかかった費用（購入代金、諸費用など）の証明書	各業者から受領（例：不動産業者）
戸籍の附票の写し	相続や居住状況を証明するための戸籍情報	市区町村役場で取得
居住用財産の登記事項証明書	不動産の所有権を証明するための公的書類	法務局で取得
マイナンバーカード	個人を特定するためのカード	市区町村役場で申請、または通知カードで代用
住民票の写し	現住所を証明するための公的書類	市区町村役場で取得
譲渡した土地・建物の登記事項証明書	譲渡した不動産の詳細を証明する公的書類	法務局で取得
不動産売買仲介業者への支払い証明書	仲介手数料などの支払いを証明する領収書	不動産仲介業者から受領
耐震基準適合証明書または建設住宅性能評価書	耐震基準を満たしていることを証明する書類	建築士事務所や専門機関から取得
被相続人居住用家屋等確認書	相続空き家の3,000万円特別控除の場合	市区町村役場で取得

この表のように、必要書類は複数の窓口で取り寄せなければなりません。基本的に確定申告は申告期限が設定されているため、提出忘れがあるとその年は特例の利用ができません。期限内に確実に申告するためにも各書類の入手方法や必要な手続きについては、事前に確認しておくことをおすすめします。

3,000万円控除の手続きの流れ

先にも述べた通り、3,000万円控除の特例を適用するには確定申告が必要です。確定申告は以下の手順で進められます。

【3,000万円控除の手続きの流れ】

手順	内容
売却前の確認	・控除の適用要件を満たしているか・確認過去3年以内の使用歴を確認
マンションの売却	・不動産業者を通じて手続き・必要書類の保管
必要書類の準備	・売買契約書、登記事項証明書などを用意・売却費用の証明書類も準備
譲渡所得の計算	・売却価格から取得費と譲渡費用を差し引く
確定申告書の作成	・確定申告書Bと譲渡所得の内訳書を作成・3,000万円控除を適用して計算
確定申告	・翌年の2月16日から3月15日までに実施・税務署に申告書を提出
税金の納付	・確定申告後、納付書に基づいて納付
控除適用の確認	・後日、確定申告の内容確認書で確認

不動産を売却した翌年の2月16日から3月15日の間に確定申告を行う必要があります。たとえば2024年にマンションを売却した場合、確定申告は2025年の2月16日から3月15日の間に行わなければなりません。

申告忘れにならないためにも、あらかじめスケジュールを確認しておきましょう。

3,000万円控除を申請する際の注意点

3,000万円控除を申請する際に注意すべき点があります。具体的には以下の点に注意しましょう。

併用はできない特例や控除がある
10年超所有軽減税率の特例とは併用が可能

それぞれについてもう少し詳しく解説します。

併用できない特例や控除がある

3,000万円控除を申請する際には併用できない特例や控除がある点に注意しましょう。

併用できない特例には以下が挙げられます。

住宅ローン控除
買い換え特例
特定居住用財産の譲渡損失の損益通算及び繰越控除

この点について把握していないと、新居を購入した際に後悔してしまう可能性もゼロではありません。ここからはそれぞれの特例について概要と、なぜ注意すべきなのかを解説します。

住宅ローン控除

住宅ローン控除は、住宅ローンを組んで住宅を購入した場合に、一定期間にわたって所得税等を軽減できる制度です。この制度は多くの人にとって大きな税制上のメリットとなっています。

しかし、3,000万円控除を適用すると、売却前後の2年間は新居購入時の住宅ローン控除が利用できません。そのため売却後にマイホームを新たに購入する人にとっては影響の大きいポイントとなります。マイホームの購入時期を遅らせるなど、特例を理解した立ち回りができれば、両方の控除を受けられる可能性があります。よって3,000万円控除を利用する人は、売却後のマイホーム計画を慎重に検討すると良いでしょう。

買い替え特例

買い換え特例は、売却後に新たなマイホームを購入する際に、譲渡所得の課税は購入したマイホームを将来売却するときまで繰り延べられる制度です。

この特例の主な条件は以下の通りです。

売却価格が1億円以下
売却した物件より高い金額の物件を購入
売却した年の前年から翌年までの3年以内に新たな物件を購入

なお売却金額より低い価格の物件を購入した場合はこの特例は利用できませんので注意しましょう。

買い換え特例についても3,000万円控除との併用はできません。そのため、どちらの特例を適用するかを慎重に検討する必要があります。個々の状況に応じて、買い換え特例と3,000万円控除のどちらが有利かを判断して利用する特例を決めましょう。

特定居住用財産の譲渡損失の損益通算及び繰越控除

損失の損益通算とは、ある所得の損失を他の所得から差し引いて、全体の所得を計算する仕組みです。この特例は売却した財産で住宅ローンが完済できなかった場合に利用可能で、給与所得や事業所得など、他の所得と相殺する方法です。この制度により、見かけ上の所得額を減らし、所得税の負担を抑えられます。

当然のことですが、3,000万円控除の特例は売却益が発生した場合に適用されるため、マイホームの売却で損失が発生した場合は利用できません。ただし、特定居住用財産の譲渡損失の損益通算及び繰越控除は3,000万円控除と同様に確定申告を行わなければ適用されません。

マイホームを売却した際に売却益ができるか、売却損が発生するかでそれぞれの控除を使い分けると、良いでしょう。

10年超所有軽減税率の特例とは併用が可能

10年超所有軽減税率の特例は、3,000万円控除と併用できる有益な税制優遇措置です。この特例は、10年以上所有したマイホームを売却する際に適用可能で、譲渡所得のうち6,000万円以下の部分に対して税率が軽減されます。具体的には、所得税が15.315%から10.21%に、住民税が5%から4%に軽減されます。

たとえば売却益が5,000万円だった場合の課税額は、所有期限が10年を超えているかどうかで以下のように変わります。

【3,000万円控除のみと10年超所有軽減税率を併用した場合の税額】

ケース	譲渡所得	所得税率	住民税率	合計税率	合計税額
3000万円控除のみ適用	2000万円	15.315%	5%	20.315%	406.3万円
3000万円控除 + 10年超所有軽減税率適用	2000万円	10.21%	4%	14.21%	284.2万円